Le origini del Reiki sembrano risalire a 10000 anni fa e affondano le radici nell'antica storia del Giappone, dell'Egitto e della Cina-Tibet, ma venne riscoperto da Mikao Usui a metà del 19esimo secolo.

Mikao Usui è nato nel villaggio di Taniai (oggi noto come Miyama Cho), Giappone, il 15 agosto 1865.
Un suo antenato fu Toshitane Chiba, un famoso samurai del 1500 il quale nel 1551 conquistò la città di Usui e quindi tutti i discendenti della sua famiglia acquisirono quel nome.

Per capire bene la storia del Reiki e di Mikao Usui bisogna far luce su cosa stava succedendo in quei anni in Giappone. L'anno 1868 resta nella Storia Giapponese grazie al periodo di restaurazione Meiji: viene abolito lo shogunato e viene ripristinato il Governo Imperiale. Siamo quindi davanti alla formazione di un nuovo potente Stato moderno. Insieme all'abolizione della casta dei Samurai, assistiamo alla cancellazione dei loro privilegi.
Negli stessi anni, più precisamente nel 1873, la Costituzione Meiji ripristina, teoricamente, la libertà di culto ma in realtà la legge che vieta il Cristianesimo rimane in vigore.

Nel 1880 nasce Chujiro Hayashi, medico ed omeopata, la prima persona che venne iniziato al Reiki da Usui stesso.

Usui studiò in una scuola-tempio e continuò la sua educazione Buddhista finchè non diventò uno zaike (un monaco laico Tendai). Questo gli permise di rimanere a casa insieme alla sua famiglia senza dover risiedere in un tempio.

Sin da piccolo, si scoprì appassionao di arti marziali divenendone immediatamento egli estesso un esperto praticante. In particolare si dedicò ad una variante del Qi Gogn, Kiko. Probabilmente questo suo avvicinamento alle arti marziali fu dovuto anche alla sua amicizia con Morihei Ueshiba (il fondatore dell'Aikido), di Gichin Funakoshi (fondatore del Karate moderno) e di Jigoro Kano (fondatore dello Judo).

Nel 1900 nasce Hawayo Takata, terzo maestro Reiki noto nella successione di Usui, responsabile unica della salvaguardia della corretta diffusione del metodo Usui.

Una decina di anni dopo, viene pubblicato quello che si potrebbe definire il primo libro di insegnamenti Reiki: "Kenzen no Genri", da Bizan Suzuki. Proprio grazie a questo libro, Usui incomincia ad utilizzare le prime tecniche Reiki descritte all'interno.

Da quanto si sa, Usui era un bravo studente, molto diligente e in età adulta venne assunto da un potente personaggio politico dell'epoca come consulente speciale. Ciò gli diede la possibilità di viaggiare molto, soprattutto in paesi occidentali, in Europa ed in Cina, così come in Giappone. Tutto ciò gli consentì di entrare in contatto con altre culture, modi di pensare, ma anche gli diede la possibilità di approfondire la sua passione per i libri di storia, medicina e psicologia, scritture Buddiste e Cristiane e per il Taoismo.

Proprio a causa del suo lavoro, Usui inizia a soffrire di stress e decide quindi di ritirarsi sul monte Koriyama per intraprendere 21 giorni di meditazione e digiuno.
Era all'alba del 21° giorno quando una piccola luce tremolante lo colpì in mezzo alla fronte. Secondo alcune credenze, proprio quello fu il momento in cui Usui scoprì il Reiki e come utilizzarlo quale strumento di crescita personale, evoluzione spirituale ed autoguarigione.

Nello stesso anno, Usui aprì ad Harajuku la sua prima clinica, il Centro di Pratica ed Insegnamento il cui motto era " In Unione con il proprio Sé, attraverso armonia ed equilibrio".

Nel 1923 una catastrofe si abbatte su Tokio e Yokohama: un terremoto di scala 7.9 Richter distrugge le due città seminando migliaia di morti, feriti e malati. Usui ed altri colleghi si prestarono a curare moltissime vittime sia all'interno sia all'esterno della clinica.

A causa dell'alta frequentazione della clinica, Usui sentì il bisogno di costruirne un'altra poco fuori dalla città di Tokyo.

Nel 1924 Kaiji Tomita, uno studente di Mikao Usui, introduce i 4 livelli della pratica Reiki:

• Shoden (livello fisico)
• Chuuden (livello mentale)
• Okuden (livello spirituale)
• Kaiden (livello di condivisione)

Solo due anni dopo, a causa del 3° ictus che lo colpì, Mikao Usui morì a soli 61 anni.

In occidente il Reiki fu esportato poco prima dello scoppio della Seconda Guerra Mondiale da un'allieva di Hayashi, residente alle Hawaii, Hawayo Takata.
Probabilmente, fu lei a cambiare la storia originale del Reiki in una storia di più facile accettazione da parte degli Americani e occidentali tutti. Tale storia narrava che Usui era un monaco Cristiano ed aveva studiato in università occidentali.. L'unico motivo per il quale Takata cambiò la storia fu che, con l'inizio della Seconda Guerra Mondiale e con l'attacco da parte dei Giapponesi a Pearl Harbor, i nipponici non erano visti di buon occhio. Inoltre verrebbe da pensare che, se si fosse scoperto che un giapponese di insegnamenti Buddhisti, avesse detto che il Reiki era un metodo di guarigione naturale, il Reiki non sarebbe arrivato fino ai giorni nostri.